Спустя 80 лет после действий Fallout, уединённая деревня Арройо, основанная Жителем Убежища, начала приходить в упадок. Требовались новые силы, чтобы вдохнуть жизнь. Старейшина деревни посылает Избранного в пустоши за чудом довоенной инженерной техники — ГЭКК, Garden of Eden Creation Kit — ГЭКК, Генератор Эдемских Кущ Компактный; в нелицензионных версиях также используются перевод «Группа Эдемских Конструкционных Компонентов» и «КоСоГоР» — «Комплект по Созданию Города-Рая»), созданный для того, чтобы вышедшие на поверхность жители убежищ смогли основать новую жизнь.

Избранный, прихватив с собой немного исцеляющего порошка и копье, отправляется в опасные поиски…

В отличие от первой части, в Fallout 2 лимит времени не имеет значения. Игра начинается 25 июля 2241 года и автоматически заканчивается ровно через 13 лет игрового времени, а честное и полное прохождение занимает не более полутора—двух игровых лет вне зависимости от выбранного стиля игры.